Vous travaillez dans la fonction publique hospitalière ou territoriale, vous avez contracté le Covid-19 dans l'exercice de vos fonctions et vous souffrez encore aujourd'hui de symptômes persistants — ce que l'on appelle communément le Covid long. Vous avez déposé une déclaration de maladie professionnelle, mais votre administration refuse de reconnaître l'imputabilité au service, vous laissant sans les protections statutaires auxquelles vous avez droit.

Cette situation n'est pas sans issue. La législation et la jurisprudence administrative offrent des voies de recours concrètes pour faire valoir vos droits. Encore faut-il savoir quelle loi s'applique à votre cas, quel régime de protection vous concerne, et comment construire un dossier solide devant le tribunal administratif.

Cet article fait le point, de manière claire et accessible, sur les règles juridiques qui encadrent la reconnaissance du Covid long comme maladie professionnelle dans la fonction publique, et sur les recours que vous pouvez exercer.

Qu'est-ce que le CITIS et pourquoi est-il si important ?

Le Congé pour Invalidité Temporaire Imputable au Service (CITIS) est le régime spécifique aux agents publics qui permet, lorsqu'une maladie est reconnue comme imputable au service, de bénéficier d'une protection renforcée par rapport à un simple congé maladie ordinaire.

Concrètement, l'octroi du CITIS ouvre droit à plusieurs avantages essentiels :

• Le maintien de la totalité du traitement pendant toute la durée de l'arrêt de travail, sans limitation dans le temps ;
• Le remboursement des frais médicaux et paramédicaux directement liés à la maladie professionnelle ;
• La protection contre certaines mesures administratives défavorables pendant la période de soins.

À l'inverse, un agent placé en simple congé maladie ordinaire ne perçoit que la moitié de son traitement à compter du quatrième mois d'arrêt. L'enjeu financier et statutaire d'une reconnaissance d'imputabilité au service est donc considérable.

Quelle législation s'applique à votre situation ? La règle des droits constitués

C'est une question fondamentale qui conditionne l'ensemble de votre dossier : quel texte régit votre demande de reconnaissance de maladie professionnelle ?

Le principe : les droits sont constitués à la date de survenue de la maladie

De jurisprudence constante, les droits des agents publics en matière de maladie professionnelle sont constitués à la date à laquelle la maladie a été diagnostiquée — et non à la date à laquelle l'agent décide de demander une reconnaissance, ni à la date de la décision administrative. Cette règle est essentielle car elle détermine quel régime juridique s'applique à votre situation.

La Cour administrative d'appel de Marseille, notamment dans un arrêt du 26 janvier 2026, a récemment rappelé ce principe. La finalité de cette jurisprudence est de faire dépendre le droit applicable de circonstances objectives, tenant à la survenue de la pathologie elle-même, et non à la volonté de l'agent ou à la date à laquelle il engage ses démarches.

Avant le 13 mai 2020 : l'article 41 de la loi du 9 janvier 1986

Le Conseil d'État a précisé qu'à défaut des décrets d'application nécessaires à la mise en œuvre de l'article 21 bis de la loi du 13 juillet 1983 (dite loi Lepors), les dispositions de l'article 41 de la loi n° 86-33 du 9 janvier 1986 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique hospitalière, dans leur rédaction antérieure à l'ordonnance du 19 janvier 2017, sont demeurées applicables jusqu'à l'entrée en vigueur du décret du 13 mai 2020.

Cet article 41 dispose notamment que :

« Le fonctionnaire en activité a droit : (…) 2° A des congés de maladie dont la durée totale peut atteindre un an pendant une période de douze mois consécutifs en cas de maladie dûment constatée mettant l'intéressé dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions. Celui-ci conserve alors l'intégralité de son traitement pendant une durée de trois mois ; ce traitement est réduit de moitié pendant les neuf mois suivants. (…) Toutefois, si la maladie provient de l'une des causes exceptionnelles prévues à l'article L. 27 du code des pensions civiles et militaires de retraite, à l'exception des blessures ou des maladies contractées ou aggravées en service, le fonctionnaire conserve l'intégralité de son traitement jusqu'à ce qu'il soit en état de reprendre son service ou jusqu'à sa mise à la retraite. Il a droit, en outre, au remboursement des honoraires médicaux et des frais directement entraînés par la maladie ou l'accident. » Article 41 de la loi n° 86-33 du 9 janvier 1986

Si votre maladie a été diagnostiquée avant le 13 mai 2020 — ce qui est le cas pour de nombreux agents ayant contracté le Covid-19 lors de la première vague épidémique — c'est cette version de l'article 41 qui régit votre dossier sur le fond, et non le régime plus récent.

Après le 13 mai 2020 : le régime de présomption d'imputabilité

Pour les maladies déclarées à partir du 13 mai 2020, c'est désormais l'article L. 822-20 du Code général de la fonction publique (reprenant l'article 21 bis de la loi Lepors) qui s'applique. Ce texte introduit un régime de présomption d'imputabilité au service, particulièrement protecteur pour l'agent :

« Est présumée imputable au service toute maladie désignée par les tableaux de maladies professionnelles mentionnés aux articles L. 461-1 et suivants du code de la sécurité sociale et contractée dans l'exercice ou à l'occasion de l'exercice par le fonctionnaire de ses fonctions dans les conditions mentionnées à ce tableau. Si une ou plusieurs conditions tenant au délai de prise en charge, à la durée d'exposition ou à la liste limitative des travaux ne sont pas remplies, la maladie telle qu'elle est désignée par un tableau peut être reconnue imputable au service lorsque le fonctionnaire ou ses ayants droit établissent qu'elle est directement causée par l'exercice des fonctions. Peut également être reconnue imputable au service une maladie non désignée dans les tableaux de maladies professionnelles (…) lorsque le fonctionnaire ou ses ayants droit établissent qu'elle est essentiellement et directement causée par l'exercice des fonctions et qu'elle entraîne une incapacité permanente à un taux déterminé et évalué dans les conditions prévues par décret en Conseil d'État. » Article L. 822-20 du Code général de la fonction publique

Le Covid long est-il une maladie professionnelle reconnue ? Les trois régimes possibles

Le Covid long — caractérisé par des symptômes persistants tels que fatigue chronique, troubles cognitifs, dyspnée, douleurs ou troubles anxio-dépressifs réactionnels — peut faire l'objet d'une reconnaissance comme maladie professionnelle pour les agents publics, en particulier dans la fonction publique hospitalière dont les membres ont été massivement exposés au virus.

Pour bien comprendre vos chances de reconnaissance, il faut distinguer trois régimes juridiques distincts, qui obéissent chacun à des règles de preuve différentes. L'article L. 822-20 du Code général de la fonction publique en pose le principe :

« Est présumée imputable au service toute maladie désignée par les tableaux de maladies professionnelles mentionnés aux articles L. 461-1 et suivants du code de la sécurité sociale et contractée dans l'exercice ou à l'occasion de l'exercice par le fonctionnaire de ses fonctions dans les conditions mentionnées à ce tableau. Si une ou plusieurs conditions tenant au délai de prise en charge, à la durée d'exposition ou à la liste limitative des travaux ne sont pas remplies, la maladie telle qu'elle est désignée par un tableau peut être reconnue imputable au service lorsque le fonctionnaire ou ses ayants droit établissent qu'elle est directement causée par l'exercice des fonctions. Peut également être reconnue imputable au service une maladie non désignée dans les tableaux de maladies professionnelles mentionnés aux articles L. 461-1 et suivants du code de la sécurité sociale lorsque le fonctionnaire ou ses ayants droit établissent qu'elle est essentiellement et directement causée par l'exercice des fonctions et qu'elle entraîne une incapacité permanente à un taux déterminé et évalué dans les conditions prévues par décret en Conseil d'État. » Article L. 822-20 du Code général de la fonction publique

De cette disposition découlent trois cas de figure très différents.

Cas n° 1 — La maladie figure au tableau et toutes les conditions sont remplies : la présomption d'imputabilité

Il s'agit du régime le plus protecteur pour l'agent. Lorsque la pathologie est désignée par un tableau de maladies professionnelles annexé au Code de la Sécurité sociale, et que les conditions posées par ce tableau (délai de prise en charge, durée d'exposition, liste limitative des travaux) sont toutes satisfaites, la maladie est présumée imputable au service.

Cette présomption joue automatiquement : l'agent n'a pas à démontrer le lien de causalité. Il lui suffit d'établir qu'il a exercé des fonctions correspondant aux travaux visés par le tableau. L'administration ne peut renverser cette présomption qu'en rapportant la preuve contraire — ce qui est, en pratique, très difficile.

L'article L. 461-1 du Code de la Sécurité sociale, auquel renvoient les textes applicables à la fonction publique, précise les conditions de mise en œuvre de ce régime :

« En ce qui concerne les maladies professionnelles, est assimilée à la date de l'accident : 1° La date de la première constatation médicale de la maladie ; 2° Lorsqu'elle est postérieure, la date qui précède de deux années la déclaration de maladie professionnelle mentionnée au premier alinéa de l'article L. 461-5 ; 3° Pour l'application des règles de prescription de l'article L. 431-2, la date à laquelle la victime est informée par un certificat médical du lien possible entre sa maladie et une activité professionnelle. Est présumée d'origine professionnelle toute maladie désignée dans un tableau de maladies professionnelles et contractée dans les conditions mentionnées à ce tableau. » Article L. 461-1 du Code de la Sécurité sociale

Cas n° 2 — La maladie figure au tableau mais une ou plusieurs conditions ne sont pas remplies : la preuve du lien direct

Deuxième hypothèse : votre pathologie est bien désignée par un tableau, mais l'une au moins des conditions posées par celui-ci fait défaut. Par exemple, le délai de prise en charge est dépassé, la durée d'exposition est insuffisante, ou les travaux que vous avez effectués ne figurent pas exactement dans la liste limitative du tableau.

Dans ce cas, la présomption d'imputabilité tombe, mais la reconnaissance reste possible. L'article L. 822-20 du Code général de la fonction publique prévoit que la maladie « peut être reconnue imputable au service lorsque le fonctionnaire ou ses ayants droit établissent qu'elle est directement causée par l'exercice des fonctions ».

Il appartient alors à l'agent de rapporter la preuve d'un lien direct entre ses fonctions et la pathologie. Le Conseil d'État a précisé les contours de cette démonstration :

« Une maladie contractée par un fonctionnaire, ou son aggravation, doit être regardée comme imputable au service si elle présente un lien direct avec l'exercice des fonctions ou avec des conditions de travail de nature à susciter le développement de la maladie en cause, sauf à ce qu'un fait personnel de l'agent ou toute autre circonstance particulière conduisent à détacher la survenance ou l'aggravation de la maladie du service. » Conseil d'État, 13 mars 2019

Une précision essentielle : le lien entre vos conditions de travail et votre pathologie n'a pas à être exclusif, certain ou déterminant. Le Conseil d'État, dans une décision du 8 mars 2023, a sanctionné comme erreur de droit le raisonnement qui exigerait un lien « non seulement direct, mais également certain et déterminant ». Une exposition significative au virus dans le cadre des soins prodigués aux patients, même si d'autres facteurs existent, peut donc suffire à établir ce lien.

Cas n° 3 — La maladie ne figure dans aucun tableau : le régime « hors tableau »

Troisième hypothèse, particulièrement pertinente pour de nombreuses formes de Covid long et pour les pathologies associées (notamment les syndromes anxio-dépressifs réactionnels) : la maladie n'est désignée par aucun tableau. La reconnaissance reste possible, mais à des conditions plus strictes.

L'article L. 822-20 du Code général de la fonction publique pose deux exigences cumulatives :

• Établir que la maladie est essentiellement et directement causée par l'exercice des fonctions ;
• Démontrer qu'elle entraîne une incapacité permanente dont le taux atteint un seuil minimal.

Le seuil de 25 % d'incapacité permanente : comment l'apprécier ?

Le seuil d'incapacité permanente exigé pour reconnaître une maladie hors tableau est fixé par les différents décrets pour chaque fonction publique, revoyant tous à l'article R. 461-8 du Code de la Sécurité sociale. Ce seuil est de 25 %.

L'article 35-8 du décret n°88-386 du 19 avril 1988 précise notamment :

« Le taux d'incapacité permanente servant de seuil pour l'application du troisième alinéa du même IV est celui prévu à l'article R. 461-8 du code de la sécurité sociale. Ce taux correspond à l'incapacité que la maladie est susceptible d'entraîner. Il est déterminé par la commission de réforme compte tenu du barème indicatif d'invalidité annexé au décret pris en application du quatrième alinéa de l'article L. 28 du code des pensions civiles et militaires de retraite. » 

L'approche des textes semble indique que le taux d'invalidité « minimal » est apprécié in abstracto. Autrement dit, ce n'est pas le taux d'invalidité dont vous souffrez effectivement qui compte, mais le taux d'invalidité que la pathologie est susceptible d'entraîner en référence au barème réglementaire. Pour déterminer le taux d'incapacité susceptible d'être entraîné par votre pathologie, il faut se reporter au barème annexé au décret n° 68-756 du 13 août 1968.

Toutefois, les juridictions administratives n'ont pas toujours cette appréciation et retiennent le taux personnel de l'agent pour déclarer imputable au service la maladie professionnelle. Le Conseil d’État n'a pas encore été saisi d'une question sur ce point stricto sensu, laissant ouverte la possibilité de faire reconnaître une maladie professionnelle sans atteindre le taux de 25%.

Que faire face à un refus ? Délais et voies de recours

Le délai de principe : deux mois

En droit administratif, le délai de droit commun pour contester une décision est de deux mois à compter de la notification de la décision contestée, conformément à l'article R. 421-1 du Code de justice administrative. Ce délai court à partir du moment où la décision vous a été régulièrement notifiée, avec mention des voies et délais de recours.

Il est essentiel de se reporter à la décision que vous avez reçue pour vérifier les mentions de voies et délais de recours qui y figurent, car elles font courir les délais et peuvent prévoir des spécificités.

Le recours contentieux devant le tribunal administratif

Après avoir épuisé les recours administratifs, vous pouvez déposer une requête devant le tribunal administratif compétent, en l'occurrence celui de Marseille pour les agents relevant de sa circonscription. Ce recours pour excès de pouvoir tend à obtenir l'annulation de la décision de refus, assortie si nécessaire d'une injonction faite à l'administration de reconnaître l'imputabilité au service.

Pour préparer votre requête, il conviendra généralement de rassembler :

• La décision administrative contestée et sa notification ;
• L'ensemble des pièces médicales établissant le diagnostic, la date de première constatation et l'évolution de la pathologie ;
• Tout élément objectif permettant d'établir vos conditions d'exposition au risque dans le cadre de vos fonctions (planning, fiches de poste, témoignages, etc.) ;
• Les éventuels avis du conseil médical.

Le tribunal administratif de Marseille et celui d'Aix-en-Provence traitent régulièrement ce type de contentieux. Une argumentation rigoureuse, fondée sur les textes applicables à votre date de diagnostic et sur les exigences jurisprudentielles en matière de lien de causalité, est déterminante pour maximiser vos chances d'obtenir gain de cause.

En résumé : les points-clés à retenir

• Vos droits sont constitués à la date de diagnostic de votre maladie : c'est ce moment qui détermine le régime juridique applicable.
• Si votre Covid long a été diagnostiqué avant le 13 mai 2020, c'est l'article 41 de la loi du 9 janvier 1986 qui s'applique ; après cette date, c'est le régime de l'article L. 822-20 du Code général de la fonction publique.
• Trois régimes de reconnaissance coexistent :
  • Cas n° 1 — Maladie au tableau, toutes conditions remplies : présomption d'imputabilité automatique.
  • Cas n° 2 — Maladie au tableau, conditions partiellement non remplies : reconnaissance possible en démontrant un lien direct avec les fonctions.
  • Cas n° 3 — Maladie hors tableau : reconnaissance possible si la pathologie est essentiellement et directement causée par le service et susceptible d'entraîner une incapacité permanente d'au moins 25 % (apprécié in abstracto au regard du barème de 1968).
• Le lien de causalité n'a pas à être exclusif, certain ou déterminant : une exposition significative au virus dans le cadre des soins peut suffire.
• En cas de refus, vous disposez de délais de recours stricts. Vérifiez la décision reçue et agissez rapidement.
• Un recours pour excès de pouvoir devant le tribunal administratif permet, en cas de décision illégale, d'obtenir l'annulation du refus et la reconnaissance de vos droits.